Das erste hölzerne Kirchengebäude in Räpina wurde im Großen Nordischen Krieg niedergebrannt. Das nächste Heiligtum wurde 1777 ebenfalls aus Holz gebaut und diente bis zur Fertigstellung des heutigen Kirchengebäudes. Die neue Kirche, die dem Erzengel Michael dediziert war, wurde 1785 fertiggestellt. Die Vorderseite der Kirche ist mit Skulpturen aus der gleichen Zeit geschmückt, die Hoffnung und Liebe symbolisieren. Die Wände der Kirche sind aus Natursteine gebaut und mit Gips bedeckt.
Die Kirche ist im Stil des Spätbarocks erbaut. Der Turmhelm mit Zwischengalerie ist ebenfalls barock und wurde ein Jahrhundert später nach dem Projekt des Architekten der Universität Tartu, Reinhold Guleke, 1885 erbaut.